Il Ministero degli Interni coordina il sistema di accoglienza dei MSNA ed è competente dal 1 gennaio 2015 su tutti i minori stranieri non accompagnati, richiedenti asilo e non. Gestisce il Fondo Asilo, Migrazione e Integrazione (FAMI) in cui è confluito il Fondo per l’accoglienza dei minori stranieri non accompagnati già operante presso il ministero del Lavoro e delle Politiche sociali. Predispone interventi a sostegno dei Comuni volti ad ampliare il numero dei posti per la prima e la seconda accoglienza, contribuendo anche economicamente ai relativi oneri, anche attraverso l’attivazione di Avvisi pubblici per la creazione di centri governativi di prima accoglienza e la promozione di bandi per l’ampliamento della rete Sprar.
Il Ministero del lavoro e delle politiche sociali effettua il censimento dei MSNA presenti in Italia attraverso il SIM (Sistema Informativo Minori), vigila sulle modalità di soggiorno, coopera e si raccorda con le amministrazioni interessate, svolge compiti di impulso e di ricerca al fine di promuovere l'individuazione dei familiari dei minori presenti non accompagnati, può adottare ai fini di protezione e di garanzia del diritto all'unità familiare il provvedimento di rimpatrio volontario assistito, formula pareri per l'ottenimento dei permessi di soggiorno al raggiungimento della maggiore età e sostiene interventi di integrazione socio-lavorativa (1000 percorsi finanziati nel 2015).